L'intérieur de l'abbaye Saint-Maurice d'Ebesmunster est magnifiquement décoré de stucs, de dorures et de peintures réalisées par Joseph Mages. La nef comprend des bas-côtés surmontés de tribunes, elle accueille un des plus beaux orgues de tribune du XVIIIe siècle, un chef-d'oeuvre réalisé par le célèbre facteur d'orgues André Silbermann en 1730. La nef est également munie de deux autels secondaires à retable du XVIIIe siècle et d'une magnifique chaire à prêcher du XVIIe siècle supportée par un Sanson. Le transept de l'abbatiale Saint-Maurice est composé quand à lui de quatre autels latéraux à retable. L'abside comprend un avant-choeur muni de stalles du XVIIIe siècle tout à fait remarquables, elles sont sculptées de saintes et de saints chers à l'Alsace. Quant au choeur, il comprend un superbe maître-autel du XVIIIe siècle à baldaquin surmonté d'une couronne royale.